لدى غادي آيزنكوت الكثير من الخلافات مع بنيامين نتنياهو، لكنه يتفق معه في رفض إقامة دولة فلسطينية والتمسك بالسيطرة الأمنية الإسرائيلية على الأراضي بين نهر الأردن والبحر المتوسط، وتفكيك سلاح حماس.